In Deutschland wir zu 43 Prozent Gülle und Mist als Biogassubstrat in den Biogasanlagen vergoren. Bisher werden lediglich 20 Prozent der anfallende Gülle in Deutschland als Biogassubstrat genutzt. Für kleine Biogasanlagen wird der Einsatz von Gülle mit einem Gülle-Bonus gefördert.
Es folgen nachwachsende Rohstoffe, wie Mais und Getreide, mit 41 Prozent am der Gesamtsubstratmenge.
Biomüll und Reststoffe werden zu 10 bezeihungsweise 6 Prozent als Biogassubstrat in Deutschland verwendet.
Unter den nachwachsenden Rohstoffe wird Maissilage zu 78 Prozent als Biogassubrat in Biogasanlagen eingesetzt. Von 2006 auf 2007 stieg die Fläche für den Maisanbau von 161600 ha auf 249200 ha an. Es folgen Grassilage, Getreide-Ganzpflanzensilage und Getreidekorn als Rostoffe mit 11, 6 und 4 Prozent zur Biogasgewinnung.